初期雨水可以通过两种方式进行分流：末端分流和源头分流。
末端分流是在全厂雨水排放口处设置初期雨水收集池和切换阀门，通过末端阀门切换实现分流，适用于厂区面积较小，大部分装置设置设备位于室内的情况，一般与统一收集方式配套使用。优点是方便运行管理，但初期雨水与洁净雨水为一路管线，后期洁净雨水容易受到污染。
源头分流是在污染区域进行清污分流，设置初期雨水和洁净雨水两路管线，在源头设置切换阀门，通过阀门切换实现初期雨水分流，统一收集、独立收集方式都适合采用源头分流。优点是进入收集系统的雨水量少，可将污染控制在一定区域内，但管路及附属设施多，管理操作复杂。对于初期雨水的收集与分流方式，可以根据厂区的实际情况选择适合的分流方式，以达到最佳的雨水处理效果。